Actualmente, se imparte el programa de MCIBQ con el plan de estudios autorizado en Agosto del 2011, con la clave MCIBQ-2011-20, otorgdo por la Subsetretaría de Educación Superior y la Dirección de Estudios de Posgrado e Investigación (Plan de estudios MCIBQ-2011-20 2011 08 en.Ingeniería.Bioquímica), el cual indica que para obtener el grado de Maestro en Ciencias en Ingeniería Bioquímica, el estudiante deberá aprobar 100 créditos correspondientes a las asignaturas y actividades académicas del plan de estudios, entre los cuales se incluirá la elaboración y aprobación de la tesis mediante el examen correspondiente, promediando 80 de calificación como mínimo en escala de 0 a 100, concluyendo dentro del período reglamentario máximo de 4 años y teniendo el dominio de un segundo idioma.
El programa es semestral, con duración de 4 semestres, el ingreso de igual manera es semestral. El calendario que rige los cursos es el oficial de la SEP.
El mapa curricular vigente fue actualizado en Diciembre del 2023 de acuerdo a los Lineamientos para la Operación del Posgrado en el Tecnológico Nacional de México (LINEAMIENTOS-PARA-LA-OPERACION-DEL-POSGRADO-DEL-TECNOLOGICO-NACIONAL-DE-MEXICO-2023-).
El plan de estudios de la maestría consta de cuatro asignaturas básicas, cuatro asignaturas optativas, tres seminarios de investigación y una tesis. Las asignaturas se distribuyen en cuatro semestres de acuerdo con el siguiente mapa curricular.
| Semestre 1 | Semestre 2 | Semestre 3 | Semestre 4 |
| Sem. de Inv. I (16-20-100-136-4) Básica I (48-60-0-108-6) Básica II (48-60-0-108-6) Básica III (48-60-0-108-6) Básica IV (48-60-0-108-6) | Sem. de Inv. II (16-20-100-136-4) Optativa I (48-60-0-108-6) Optativa II (48-60-0-108-6) Optativa III (48-60-0-108-6) | Sem. de Inv. III (16-20-100-136-4) Optativa IV (48-60-0-108-6) | Tesis (0-800-0-800-40) |
| Créditos: 28 | Créditos: 22 | Créditos: 10 | Créditos 40 |
Las asignaturas básicas consideradas para este programa son:
Metodología de la Investigación; que a grandes rasgos enseña los mecanismos de búsqueda de información, uso de plataformas de internet, bases de datos para artículos científicos, CONRICYT, la forma de estructurar el texto científico, las diferentes partes de que consta la tesis, el conocimiento de las diferentes áreas del conocimiento, elaboración de manuscritos, y un tanto de oratoria, aprender a realizar presentaciones y resúmenes.
Bioquímica; al ser un posgrado en Ingeniería Bioquímica, y dado que no todos traen la formación de bioquímica, se da un repaso general de la bioquímica y se avanza en temas de interés o de acuerdo a las tendencias nacionales e internacionlaes para tener actualizados a todos los estudiantes en materia de bioquímica, biotecnología, ciencias ómicas.
Ingeniería Bioquímica; situación similar a la anterior, pero donde se da información actual y relevante sobre la ingeniería bioquímica, para que desarrollen aplicaciones en los diferentes temas de tesis que cada uno de los estudiantes elige.
Diseño estadístico de experimentos; durante algunas generaciones el NAB se percató de un bajo conocimiento en estadística de la mayoría de nuestros estudiantes, por lo que se incluyeron estos temas, actualizando el acervo, para diseñar sus propios experimentos (todas las tesis tienen trabajo de campo y/o laboratorio), y de esta manera lograr mejorar la discusión de sus resultados, entre otros beneficios.
En cuanto a las asignaturas optativas, éstas son elegidas en común acuerdo entre el Comité Tutorial y el estudiante tomando en cuenta los conocimientos teóricos y competencias necesarias a desarrollar para la realización del proyecto de tesis, pudiendo elegir como optativa alguna asignatura considerada básica en el catálogo de asignaturas. Las actividades complementarias como cursos de idiomas o actividades de retribución social no tienen créditos, pero son requisitos de egreso.
| Estructura académica | Créditos |
| Asignaturas básicas | 24 |
| Asignaturas optativas | 24 |
| Seminario de investigación I | 4 |
| Seminario de investigación II | 4 |
| Seminarios de investigación III | 4 |
| Tesis | 40 |
| TOTAL | 100 |
El Consejo de Posgrado tienen a su cargo actividades relacionadas con la actualización de los contenidos temáticos de las asignaturas que integran el plan de estudios tomando en consideración la pertinencia y viabilidad, el avance en el conocimiento y los cambios en el entorno académico de la región de influencia.
El TecNM a través de la Dirección de Posgrado, Investigación e Innovación emitió la última convocatoria para la actualizacón y validación de los contenidos temáticos en el año 2024. En ese sentido, el catálogo actualizado de las asignaturas básicas y optativas y su contenido temático se encuentra disponible en archivos adjuntos MCIBQ ASIGNATURAS OPTATIVAS ACTUALIZACIÓN 2024.
